Kalajauho on pakattava ennen varastointia tai toimitusta. Pakkauspussissa käytetään yleensä polyeteenistä kudottua pussia. Pakkaustyöt voidaan jakaa kahteen tyyppiin mekaaniseen pakkaamiseen ja manuaaliseen pakkaamiseen. Manuaaliset pakkauslaitteet ovat hyvin yksinkertaisia, tarvitsevat vain vaa'at ja kannettavan ompelukoneen ja muut yksinkertaiset työkalut. Ja pakkausautomaation aste riippuu tehtaan tuotanto- ja jalostuskapasiteetin koosta. Yhä useammat valmistajat ovat ottaneet käyttöön mekaaniset pakkaukset, joissa on korkeampi automaatioaste. Järjestelmä sopii kokoonpanolinjan toimintaan, kompaktiin rakenteeseen, pienempään työalueeseen, tarkkaan punnitukseen ja mittaukseen, mikä voi parantaa työvoiman tehokkuutta, vähentää työvoimaa ja säästää tuotantokustannuksia. Pakattu valmis kalajauho voidaan sulkemisen jälkeen lähettää suoraan varastoon säilytettäväksi.
Automaattinen pakkausjärjestelmä koostuu pääasiassa pakkausruuvikuljettimesta, automaattisesta kvantitatiivisesta pakkausvaa'asta, hihnakuljettimesta punnituslaitteella ja näytöllä sekä ompelukoneesta. Sen punnitus- ja pakkausprosessissa käytetään punnitusnäytön ohjaimen ohjelmaohjaustoimintoa pakkausruuvikuljettimen syöttöohjauksen toteuttamiseksi, jotta saavutetaan tarkka mittausvaikutus. Punnituksen päätyttyä pussit siirretään pussiompelukoneeseen hihnakuljettimen kautta sulkemistyön loppuunsaattamiseksi. Valmis kalajauho pusseissa sulkemisen jälkeen voidaan lähettää suoraan varastoon säilytettäväksi. Tämä automaattinen pakkausjärjestelmä voi täyttää myös muiden jauhemaisten materiaalien tarpeet, mikä on erittäin suosittu sekä kotimaisilla että kansainvälisillä markkinoilla.